An der Spitze des Hauses stehen der Hessischer Minister der Justiz und für den Rechtsstaat als politisch Verantwortlicher für das Ressort und die Staatssekretärin als Amtschefin des Ministeriums.
In den Aufgabenbereich des Ministeriums fallen die Personal-, Haushalts- und Bauangelegenheiten der Justiz, sowie die Aus- und Fortbildung der Mitarbeiter, Grundsatzfragen der Organisation, die Modernisierung der Justiz und das Justizprüfungsamt. Außerdem wirkt das Ministerium an Gesetzesvorhaben auf Landes- und auf Bundesebene mit.
Dem Ministerium gehören derzeit rund 250 Mitarbeiter an. Es ist organisatorisch in das Ministerbüro und fünf Abteilungen sowie das Justizprüfungsamt gegliedert. Die einzelnen Abteilungen bestehen jeweils aus mehreren Fachreferaten.
Im Einzelnen sind die Zuständigkeiten wie folgt verteilt: